Después de haber estudiado en el curso de Filosofía de la Ciencia la cuestión del conocimiento de la realidad material o mundo físico (perspectiva epistemológica), trataremos ahora de considerar la cuestión de la naturaleza del mundo físico (perspectiva ontológica), es decir, trataremos de estudiar el ente físico, sensible y móvil, en cuanto ente, es decir, desde la perspectiva específica de la metafísica. De hecho, en el conocimiento filosófico del mundo físico propio de la filosofía de la naturaleza, nos encontramos ante una «ciencia media», que es materialmente física y formalmente metafísica.
Para llevar a cabo este estudio, utilizaremos tanto el método inductivo (desde las propiedades del ente físico, conocidas desde la experiencia y la ciencia directa, hasta los principios metafísicos) como el método deductivo (aplicación de las nociones y los principios metafísicos a las nociones y principios de la física y la matemática contemporáneas). Para ello, tendremos que presentar brevemente las teorías científicas más significativas, tratar de comprender su valor y significado filosófico, y abordar los problemas filosóficos que éstas han planteado.
En primer lugar, estudiaremos las propiedades más simples y generales del ente material, luego procederemos a considerar las más complejas y específicas, llegando finalmente a la consideración de la sustancia material, su esencia y su estructura ontológica.