La administración y la gestión se llevan a cabo a través de áreas de intervención claramente delimitadas que son gestionadas por los distintos departamentos que componen el Ateneo Pontificio Regina Apostolorum.

Es la oficina que, bajo la dirección del Rector, gestiona las relaciones de la Universidad con la Sede Apostólica y la Iglesia local, la Congregación de los Legionarios de Cristo y otras instituciones académicas y no académicas.

Es el órgano responsable de la gestión de todas las actividades administrativas relacionadas con la carrera universitaria de los estudiantes. Las oficinas se encuentran en la Planta Baja.

Fue establecido en febrero de 2013 para mejorar la gestión de los recursos humanos y garantizar la excelencia en el desempeño laboral y los servicios ofrecidos por el Ateneo.

Está compuesto por tres equipos dedicados a la Comunicación Institucional, Promoción y Recaudación de Fondos y Exalumnos, con el objetivo de llevar a cabo la misión del Ateneo.

Es un órgano consultivo y propositivo que colabora con el Rector en la promoción de una cultura de calidad en todos los sectores y departamentos del Ateneo.